Kromě škodlivých látek je v odpadních vodách nespočet bakterií a virů. Proto se dezinfekce chlorem široce používá k ničení bakterií a virů ve vodě během fáze odtoku vody z vodovodu a čistíren odpadních vod.
Při úpravě průmyslové cirkulační chladicí vody se chlor používá také ke sterilizaci a odstraňování řas. V procesu cirkulace chladicí vody dochází v důsledku odpařování části vody ke koncentraci živin ve vodě, ve velkém se množí bakterie a další mikroorganismy a snadno tvoří slizové nečistoty. Příliš mnoho slizových nečistot povede k ucpání potrubí a korozi.
Chlorace obvykle zahrnuje vstřikování chlóru do vody, aby se zabily bakterie a jiné mikroorganismy, obvykle v chloru v lahvích.
Aby byl zachován baktericidní účinek, zbytkový chlór by měl být vždy udržován na {{0}},5 ~ 1 mg/l ve vypouštěné vodě a na konci vodovodní sítě na 0 0,05 ~ 0,1 mg/l.