Princip dezinfekce chlornanu sodného zahrnuje především tři aspekty:
Hydrolýzou vzniká kyselina chlorná a kyselina chlorná se dále rozkládá za vzniku nového ekologického kyslíku. Silná oxidační vlastnost nového ekologického kyslíku denaturuje látky, jako jsou proteiny, na bakteriích a virech, čímž zabíjí patogenní mikroorganismy.
Kyselina chlorná může pronikat do bakterií (virů) a reagovat s organickými polymery, jako jsou bakteriální (virové) proteiny, nukleové kyseliny a enzymy, a tím zabíjet patogenní mikroorganismy.
Chloridové ionty produkované kyselinou chlornou mohou výrazně změnit osmotický tlak bakterií a virů, což způsobí, že jejich buňky ztratí aktivitu a zemřou.